দৃষ্টিনন্দন স্থাপত্যের অন্যতম নিদর্শন ইসলামী বিশ্ববিদ্যালয়ের কেন্দ্রীয় মসজিদ। দূর থেকে দেখলে মনে হবে দেয়ালে খচিত অঙ্কিত সোনালী রংয়ের প্রলেপে । এ মসজিদের মূল নকশার কাজ পরিপূর্ণভাবে হলে এটি বাংলাদেশ তথা দক্ষিণ এশিয়ার একটি অন্যতম সেরা মসজিদে রূপান্তরিত হবে। মসজিদের নকশাটি আধুনিক স্থাপত্যের অনন্য নিদর্শন। চার তলা বিশিষ্ট বর্গাকৃতির মসজিদটি ২.২৫ হেক্টর এলাকা জুড়ে এর অবস্থান।

এছাড়াও প্রথম, দ্বিতীয় ও তৃতীয় তলার মোট আয়তন ৭ হাজার ১০০ বর্গমিটার, দোতলায় ৩ হাজার ১০০ জন, তিন তলায় ৮০০ জন ও চার তলায় ২ হাজার ৩০০ জন মোট ৬ হাজার ২০০ জন মুসল্লি একসাথে নামাজ আদায় করতে পারবেন। নামাজের স্থানের ক্রমবর্ধমান চাহিদা মেটানোর জন্য ইসলামী বিশ্ববিদ্যালয় কর্তৃপক্ষ সিরামিক ও ইট দ্বারা কেন্দ্রীয় মসজিদের পূর্ব দিকে বিকাশ এবং উন্নত করার সিদ্ধান্ত নিয়েছেন। এই উন্নয়ন কাজে ১ লক্ষ ১ হাজার ১২৫ বর্গফুট জায়গা প্রসার হবে। এখানে মুসলমানদের ধর্মীয় উৎসব ঈদের নামাজের জন্যও রয়েছে সুব্যাবস্থা। বিশ্ববিদ্যালয় ভিত্তিক সর্ববৃহৎ ও দেশের তৃতীয় বৃহত্তম মসজিদ হলো ইসলামী বিশ্ববিদ্যালয়ের কেন্দ্রীয় মসজিদ। এই মসজিদে ৬ হাজার ২০০ ও ঈদের নামাজ উপলক্ষে ১০ হাজার তথা মোট ১৬ হাজারেরও বেশী মুসল্লি এক সাথে নামাজ আদায় করতে পারবেন।

এ মসজিদ নির্মিত হয়েছে সিরামিক ও কনক্রিট দিয়ে , ছোট বড় মোট ১৪ টি গম্বুজ রয়েছে। মাঝখানে ছাদের উপরের গম্বুজ এর উচ্চতা ৩৬.৫০ মিটার। চার কোণায় চারটি ২০০ ফুট উঁচু মিনার সহ প্রাচীর দ্বারা বেষ্টিত। মসজিদে প্রবেশের জন্য রয়েছে তিনটি ফটক। মসজিদ ভিত্তিক ক্যাম্পাস গড়ার পরিকল্পনা হিসেবে বিভিন্ন অনুষদ ভবন থেকে রয়েছে ১৫ ফুট প্রস্থের করিডোর। চার তলা বিশিষ্ট মসজিদের নিচ তলার আয়তন ৪ হাজার ৭৭১ বর্গমিটার। উপরোক্ত বর্ণনানুযায়ী মসজিদটির সম্পূর্ণ কাজ এখনো সমাপ্ত হয়নি। নির্মাণাধীন এই কেন্দ্রীয় মসজিদটি প্রতিষ্ঠিত হয় ১৯৯৪ সালে। তৎকালীন সরকারী অর্থায়নে এই ভিত্তিপ্রস্থর কাজের উদ্বোধন করা হয়। মসজিদের জন্য বরাদ্দকৃত টাকা ভিন্ন খাতে ব্যবহৃত হওয়ায় মসজিদটির কাজ এখন সম্পূর্ণ হয়নি।